KASP SNP genotipizálás - LGC Genomics

A KASP (Kompetitive Allele Specific PCR) egy uniplex PCR alapú SNP genotipizálási eljárás, amely a multiplex módszerekkel szemben több előnnyel is rendelkezik: kisebb átfutási idő, alacsonyabb genotípus hiba arány (0,7-1,6 %), nagyobb flexibilitás. Alkalmazható olyan esetekben is, amikor sok SNP markert kell vizsgálni kevés mintán, illetve ha kevés SNP markert kell vizsgálni sok mintán. A genotipizálási vizsgálat során a minták átvétele és vonalkód alapján történő azonosítása után az assay tervezés, az oligók szintetizálása, az assay összeállítása és validálása történik. Ezután a minták DNS-eit normalizálják, előkészítik a KASP SNP genotipizáláshoz. A minták hígítása és 384/ 1536 PCR mikrolemez transzfere replikator folyadékkezelő robot segítségével valósul meg. A KASP assay és reakciómix összeállítása a Meridian automatizált adagoló segítségével történik. A mikrolemez Fusion lézer-fóliázóval történő lezárása után a PCR vizsgálatot a HydroCycler 64X1536 kapacitású PCR készülékkel végzik. Ezt követi a fluoreszcencia detektálás BMG Labtech FluoStar Omega mikrolemez olvasóval. Az adatok elemzése és kiértékelése a Kraken szoftver segítségével történik. Az adatok kiértékelését a Senior Projekt Manager végzi, végül az adatokat visszaküldik az ügyfélnek.

A KASP SNP genotipizálás elvégzéséhez a következő dokumentumok szükségesek:

• SNP lista a dokumentumban meghatározott szekvenciákkal
• Minta lista: a genotipizálásra szánt minták azonosítókkal ellátott listája
• Mikrolemez térkép: olyan dokumentum, amely magában foglalja az azonosítóval
       ellátott DNS minták pozícióját a mikrolemezen
   

Vizsgálat menete:

• Minták átvétele és vonalkód alapján történő azonosítása
• Assay tervezés és oligók szintetizálása
• Assay összeállítása és validálása
• Minták előkészítése – DNS normalizálás, előkészítés KASP SNP genotipizáláshoz
• Minták hígítása és 384 /1536 PCR mikrolemez transzfer Replikator folyadékkezelő
       robot segítségével
• KASP assay és reakciómix összeállítása Meridian automatizált adagoló segítségével
• Mikrolemez lezárása Fusion lézer-fóliázóval, előkészítés PCR-hez
• PCR lépés HydroCycler 64 x 1536 kapacitású PCR készülékkel
• Fluoreszcencia detektálás BMG Labtech FluoStar Omega mikrolemez olvasóval
• Adatok elemzése és kiértékelése Kraken szoftver segítségével
• Adatok kiértékelése Senior Projekt Managerrel
• Adatok visszaküldése az ügyfélnek

Website: LGC Genomic